Southern Island (Ilha do sul)

Para conseguir acesso à Southern Island, os jogadores precisam levar o item "Eon ticket" (bilhete Eon) para a balsa de "Lilycove City" (cidade de Lilycove). A ilha consiste de duas telas. A segunda contém uma pequena floresta e um Pokemon secreto. O Latias ou o Latios aparecem na floresta, dependendo de qual dos dois Pokemons o jogador já tiver encontrado. Um jogador com um dispositivo Action Replay pode obter o item no jogo com o código "0A6626D3 648DA17A".

Navel Rock

Os jogadores podem ter acesso à Navel Rock levando o item "Mystic Ticket" (bilhete místico) até a balsa de "Lilycove City" (cidade de Lilycove). A ilha possui uma caverna com vários andares, cada um contendo um Pokémon de nível alto. No primeiro andar é o Pokémon lendário Lugia e no último, o Ho-oh. Usando um localizador de item no último andar, o item "Sacred Ash" (pó sagrado) será mostrado. Um jogador pode utilizar o código "BE39B3A8 280987E1" do Action Replay para adicionar o "Mystic Ticket" ao jogo.

Birth Island (Ilha do nascimeno)

Levando o "Aurora Ticket" (bilhete Aurora) até a balsa de "Lilycove City" (cidade de Lilycove), o acesso à "Birth Island" (Ilha do nascimento) será liberado. A pequena área possui um quebra-cabeça onde o jogador deve chegar a um triângulo no chão na menor quantidade de passos possíveis. Caso o jogador tenha êxito, o Pokemon Deoxys aparecerá para uma batalha. Para obter o bilhete, digite o código "483511F5 E6C8E537" no dispositivo Action Replay.

World's Edge Island (Ilha da beira do mundo)

Para conseguir ir à "World's Edge Island" (Ilha da beira do mundo), o jogador deve levar o item "Old Sea Chart" (quadro do mar antigo) até a balsa de "Lilycove City" (cidade de Lilycove). A ilha possui várias áreas de floresta, cada uma com um pequeno labirinto, mas nenhum pokemon selvagem. No final dos labirintos, o jogador encontrará o Pokemon lendário Mew. Ele se esconde na grama alta, e o jogador deve persegui-lo para enfrentá-lo. O código do item no Action Replay é "5B1CB4D7 10FA9D05".