A doença mais comum é causada pelos subtipos HVE-1 e HVE-4 do vírus da herpes. Os primeiros sintomas são tosse, corrimento nasal e dificuldades para respirar. Éguas infectadas pela herpes equina geralmente desenvolvem uma inflamação do útero; caso estejam grávidas, abortarão o feto. A doença também é potencialmente letal para os animais adultos, pois algumas vezes causa problemas de coordenação que resultam na necessidade de sacrificar o animal.

Causada pelo subtipo HVE-3 do vírus da herpes, esta doença reprodutiva equina é chamada de exantema coital. O "Manual Merck de Veterinária" especula que esse tipo de herpes equina ocorra no mundo inteiro. A exantema coital gera erupções de pus ou líquido nos órgãos genitais do animal e alguma vezes nas patas traseiras. As erupções eventualmente estouram e se tornam feridas dolorosas. As éguas também exsudarão um corrimento incomum de suas vulvas. Não apenas um garanhão receará acasalar-se, como a contagem de esperma diminuirá.

A metrite contagiosa equina é uma doença rara que pode causar danos ao sistema reprodutor de uma égua e torná-la infértil. A doença é causada por um microrganismo chamado Tylorella equigenitalis, que faz com que a égua comece a exsudar uma secreção acinzentada pela vulva um ou dois dias após o acasalamento. Geralmente, a égua estará muito doente para conceber durante esse acasalamento e ao longo dessa temporada. O USDA -- o departamento de agricultura norte-americano -- nota que puros-sangues são mais suscetíveis a essa doença.

De acordo com o "The Complete Equine Veterinary Manual" (Manual completo de veterinária equina, em tradução livre), um protozoário chamado Typanasama equiperdum pode viver no sangue equino e é responsável pela doença chamada durina. O parasita pode ser transmitido através do acasalamento e causa inchaço, corrimento, bolhas e úlceras nos órgãos genitais do animal, que frequentemente terá problemas para urinar e pode desenvolver problemas de coordenação caso não seja tratado.

Um vírus da herpes equina chamado rinopneumonite dizimou a rara raça lipizzaner em 1983. Na Áustria, a nação que mais cria lipizzaners, mais de 30 cavalos morreram -- cinco adultos e 25 potros. Trata-se de uma raça ainda rara, com apenas alguns poucos milhares de indivíduos ao redor do mundo.