Código genético

Em protistas, bactérias e todos os outros organismos, algumas sequências de pares de bases químicas de DNA codificam certos aminoácidos. Esse código é praticamente universal, no sentido que a mesma sequência de DNA vai codificar a mesma sequência de aminoácidos tanto em um protozoário quanto em uma bactéria. Exceções incluem o fato de que algumas bactérias usam a sequência UAG para codificar pirrolisina em vez de ser um códon de parada, que é o que ocorre em outros organismos. Apesar disso, majoritariamente, o código é uma similaridade marcante entre bactérias e protozoários.

Ribossomos

Tanto as bactérias quanto os protozoários primeiro transcrevem seu DNA em RNA, e depois traduzem esse RNA em uma proteína usando estruturas complexas chamadas ribossomos. Novamente, eles dividem essa semelhança com todas as demais formas de vida. A estrutura dos ribossomos se altera um pouco entre bactérias e eucariotos como os protozoários. Essa diferença é importante, também, pois alguns antibióticos matam bactérias fazendo o uso das diferenças entre os ribossomos de eucariotos e bactérias.

Membranas celulares

Tanto bactérias como protozoários possuem membranas celulares feitas de moléculas chamadas fosfolipídios. Um fosfolipídio em uma bactéria ou protozoário possui um grupo solúvel em água em uma ponta e uma cauda insolúvel na outra, então as membranas celulares são formadas por uma dupla camada desses componentes. A cauda fica virada para o centro da dupla camada. As bactérias têm uma parede celular, além de sua membrana celular, no entanto, algumas bactérias possuem membrana interna e externa.

Processos altamente conservados

Bactérias e protozoários apresentam surpreendentes semelhanças em vários processos bioquímicos, que também são muito similares a todas as outras formas de vida. O processo que bactérias e protozoários usam para quebrar a glicose é chamado de glicólise. Apesar de ter algumas variações, a glicólise acontece em quase todos os organismos conhecidos. Da mesma forma, o processo de replicação do DNA é muito similar entre bactérias e protozoários com algumas pequenas diferenças.