Velocidade

O transporte intermodal tem a vantagem de ser relativamente mais barato, se comparado a outros métodos. Ele é, no entanto, mais lento. Toda vez que uma carga é transferida para um meio de transporte mais lento, o tempo de entrega é comprometido. Um exemplo disso são os trens que, por operarem em uma rota fixa, podem fazer um caminho não tão direto quanto aquele tomado por caminhões. Para maximizar a eficiência das operações, o transporte intermodal deve reduzir a quantidade de tempo que as cargas esperam para serem descarregadas ou trocadas de meio de transporte.

Falta de confiabilidade

Por causa da sua dependência em mais de um tipo de trânsito, o transporte intermodal fica sujeito a uma menor confiabilidade. Com o aumento do número de modalidades utilizadas, a chance de dar algo errado em uma delas aumenta. Isso é especialmente problemático quando um dos modos é o ferroviário. As ferrovias são mais suscetíveis a atrasos por causa de más condições climáticas e falhas nos equipamentos. Por esse motivo e também pela preocupação com a velocidade, é preferível que as cargas que dependem de uma entrega rápida e confiável não utilizem o transporte intermodal.

Danos

Toda vez que uma carga precisa ser movida de um meio de transporte para outro, existe o risco de ocorrerem danos. Felizmente, esses danos podem ser mitigados, mas isso em geral envolve um maior gasto de materiais protetores do que a quantidade normalmente utilizada. Esse peso e gasto adicional em proteção contrabalanceiam as vantagens do transporte intermodal em termos de eficiência energética e custo.

Altos custos de infraestrutura

O transporte intermodal também sofre com custos relativamente altos de infraestrutura. O advento da utilização de containers diminuiu os custos e dificuldades de arrumação e, sendo assim, as transportadoras podem facilmente mover um container de um navio para um caminhão. No entanto, mover esses cointainers é algo que requer das transportadoras a utilização de guindastes pesados e equipamentos que podem não existir em alguns lugares, principalmente em países subdesenvolvidos.