Os limoeiros sofrem de dois tipos de fungos: esporos fúngicos, que vivem e emanam do solo e atacam suas raízes; e esporos aerógenos, que atacam o fruto, a casca e as folhas da árvore.

Os fungos cítricos incluem: melanose, crostas cítricas, podridão marrom (também conhecida como podridão da raiz), fusariose (levada para a árvore pelos insetos) e mancha gordurosa, a forma mais comum de fungo em cítricos.

Os fungos de limoeiros podem causar lesões e manchas nas folhas, cancros na casca, bem como crostas e lesões nos frutos. Eles podem ainda provocar a queda precoce das folhas da árvore.

Os fungos fixam-se às árvores por vários meios, inclusive secreções de insetos, chuva e irrigação (espalhando os esporos fúngicos por toda a árvore e ajudando-os a aderir-se à casca, galhos e folhas). Eles vicejam em condições quentes e úmidas. Folhas em decomposição, no chão, na base da árvore, fornecem um ambiente perfeito para o crescimento e transferência dos fungos para a árvore.

Os fungos do limoeiro podem ser combatidos com facilidade por meio de prevenção e tratamento. Não deixe as folhas caídas se acumularem, decompondo-se na base da árvore. Forneça adequada drenagem para a árvore. Pode ramos mortos e infectados, que podem transferir esporos para áreas saudáveis da árvore durante chuvas e irrigações. Remova os galhos saudáveis baixos, pendentes, aos quais os esporos do chão podem se fixar facilmente.

Se surgirem sintomas, use um fungicida para tratar o problema. Os tratamentos mais recomendados contêm cobre líquido. Uma segunda aplicação pode ser necessária após a primeira rodada de aplicação em spray. Tratar a árvore com um inseticida lidará com as pragas de fungos fixados à árvore.